在金融發展方面，十二五規劃中，除了支持海峽西岸經濟區建設外，其次便是建立兩岸貨幣清算機制。其中，包括人民幣現鈔的兌換、新台幣與人民幣的匯兌交易，以及人民幣存放款業務的開放等三個層次，這代表著兩岸的貿易與資金的往來隨著ECFA的簽署將越形擴大。貨幣直接清算兌換對於企業營運成本及個人匯兌成本影響很大，因此，兩岸貨幣清算有其重要性及必要性。現階段來看，人民幣現鈔清算服務已有進展，根據MOU的協議，由中央銀行及金管會同意，授權台灣銀行及兆豐國際商銀香港分行與大陸人民銀行授權之中國銀行香港分行簽署「關於向台灣提供人民幣現鈔業務的清算協議」，由台灣銀行及兆豐國際商銀擔任人民幣現鈔之對口拋補行，接受金融機構下單拋補人民幣現鈔。

　　兩岸貨幣清算機制需要全面性的一次到位，對於金融市場及外匯的穩定性會是一個挑戰，未來ECFA第二階段兩岸金融合作協商，可考慮採簽訂特別貨幣清算協議方式設立試點先行，以循序漸進開放，或可透過雙方主要的國有銀行，在廈門兩岸金融服務中心設點，先行開辦人民幣及新台幣拆款，進而進行貨幣結算業務之試點辦理，以逐步來推動建立兩岸全面貨幣清算機制。

　　兩岸ECFA簽訂後，台灣金融業納入服務貿易早收清單。根據早收清單，台資銀行到大西部、東北等省市設立分行，享有優於外資審查、核準，以及設立多家分行等優惠。而像西部地區城市，經濟發展與國民所得水準已經具有相當水準，有些甚至超越沿海城市，也都已吸引大批台商進駐。

　　也因為如此，故海西經濟區面對傳統長三角、珠三角，以及中西部經濟區、東北經濟區諸多新興崛起的強勁競爭對手，如何在十二五的加持下、配合政策優惠突破重圍、創造優勢，以吸引台灣金融業進入海西經濟區，是海西吸引台資銀行業發展金融產業區一個相當重要的關鍵期。

　　海西經濟區不只是一個經濟區域的概念，實則涵蓋經濟、政治、文化、社會等各個面向的概念，大陸有意提高海西經濟區的戰略地位，促成福建成為建設兩岸經貿合作的緊密區域、兩岸文化交流的重要基地和兩岸直接往來的綜合樞紐，並希望福建發揮本身對台灣文化地理的獨特優勢，透過政策的強力支持加強與台灣的連繫，提升台商投資區功能，促進產業深度，帶動福建地區的經濟發展。

　　然而，廈門在港口貿易、工業基礎建設、地理文化等方面有條件，但在兩岸金融合作方面，雖有2007年國泰人壽(與東方航空合資)設廈門營銷服務部、2008年君龍人壽(臺灣人壽與廈門建發集團合資)、富邦銀行參股廈門商業銀行、統一證券設立廈門代表處，但整個福建僅有19家外資銀行機構，比起上海將近400家外資金融機構，金融資源相對顯得不足夠，金融機構數量不多，金融產業缺乏群聚效應。儘管大陸希望以福建之金融發展帶動經濟發展，但由上述情形來觀察，海西經濟區域建立金融中心，前景仍不明朗。

　　要發展兩岸區域金融服務中心，除了努力發展經濟，還需要政策大力加持，若十二五規劃能夠如預期發揮政治及經濟上的效益，例如比照南京，提供綠色通道給台灣金融業，甚至利用十二五給予海西經濟區「試點先行、個案合作、彈性處理」的中央政策支援優勢，提供更優於現行綠色通道的優惠條件，如率先放寬人民幣貿易清算及業務承作限制、新種業務申請、租稅優惠等，將可吸引兩岸金融機構和人才匯聚。而海西港口重工業、石化業、高新科技、汽車製造等需要龐大的資金挹注，一旦產生大量資金供給及需求，區域金融服務中心的發展機會將會更大。其中，更重要的是，政策優惠要能長效延續，並且堅持兩岸產業鏈的垂直性分工合作之方向，才能順勢使產業結構升級，降低產業外移疑慮。

　　兩岸金融終於開放，但業者仍期待一個較其他經濟區域更為優惠、穩定、寬廣及明朗的經營環境，且要有足夠的誘因及利基才能吸引台商企業及金融業共同進駐，特別是營造一個與台灣產業發展及金融自由化程度相近的市場環境及法制條件；畢竟許多企業及金融業都是在台公開發行上市櫃的公司，其獲利性、安全性及股東權益都是業者最大的考量，如能在政策、法制及經營條件各方面都能給予台商企業及金融業足夠的發展空間，一同結合在地企業把市場的餅做大，使兩岸在海西經濟區的合作更長久穩定，產業才會有意願長期發展，對台灣金融業來說也才是確實存在機會。